Динамичный шутер с элементами рогалика и мрачного детектива, в котором агенты секретной организации пытаются разобраться в кризисе, охватившем самый скрытный отдел их корпорации. Они не знают истинную природу угрозы, но подозревают, что им предстоит столкнуться с паранормальными явлениями и существами, которые сеют хаос и угрожают уничтожить всё живое. Задача состоит в том, чтобы устранить эту угрозу и провести тщательное расследование.
Игровой процесс сосредоточен на исследовании зловещих уровней и сборе улик, которые помогут выяснить, какие существа стоят за происходящим и как с ними бороться. Каждое встречное существо представляет собой опасность и требует быстрой реакции, поэтому агентам придется проявлять смекалку и полагаться на поддержку товарищей, готовых прикрыть огнем. Уровень угрозы будет меняться при каждом новом прохождении.
Совместная игра доступна для групп из двух или трех агентов, которые должны следить за уровнем страха, иначе рискуют поддаться панике. Игроки могут настраивать оружие под свой стиль игры, изучать уникальные навыки и использовать специальные предметы для борьбы с злыми криптоидами, продвигаясь дальше по уровням.
Section 13 завоевала свою аудиторию — игроки отмечают захватывающий сюжет и хардкорный игровой процесс, где смерть приводит к началу партии, заставляя проходить всё заново.